I problemi di gestione della riserva sono molto complessi; i più importanti riguardano sicuramente la manutenzione continua della recinzione perimetrale e un adeguato servizio di sorveglianza. Sono queste le condizioni essenziali perchè la riserva possa far fronte alle necessità legate alle sue finalità conservazionistiche, che devono tradursi nella salvaguardia del patrimonio naturale e dei processi ecologici che in essa si manifestano, in modo che possano costituire oggetto di ricerche nei vari settori delle scienze naturali e dell’ ecologia. La recinzione è indispensabile per impedire l'accesso degli animali pascolanti, la sorveglianza per un controllo generale della zona e per evitare abusi all'interno della riserva, tra cui la caccia, come è stato sicuramente fatto in passato.
Non sempre l'Università come tale può però disporre dei fondi necessari ad affrontare i numerosi problemi che sempre si presentano. A ciò fortunatamente ha supplito
Sorveglianza. Subito dopo l'acquisizione della proprietà, l'Istituto di Botanica ha provveduto a istituire un servizio di sorveglianza della riserva, a partire dal giugno 1971, con l'assunzione di un custode che è rimasto in servizio fino al giorno del pensionamento, avvenuto il giorno 1 novembre 1984. Dopo tale data, non è stato più possibile assumere altri custodi, però a partire dall'emanazione del Decreto Ministeriale del 7 aprile l977, il servizio di sorveglianza nella riserva compete al Corpo Forestale dello Stato, in quanto con tale decreto
Tabellazione. E' stato anche provveduto alla tabellazione completa e alla parziale recinzione del territorio della riserva, nella parte a monte, per impedire l'accesso degli animali al pascolo all'interno della riserva. Nel 1987-1988 si è proceduto al rifacimento della chiudenda perimetrale e alla costruzione di una porta di accesso alla riserva in località Pian della Cuna.
Casale Piscini. A
Interventi nei boschi. Nel 1975 è stato eseguito un rimboschimento a scopo sperimentale sulle pendici meridionali del Monte Cetrognola dove sono state scavate 19461 buche dalle dimensioni di cm 50x40x40 evitando i sistemi di preparazione del terreno a piazzole o a gradoni limitando al massimo i danni alla cotica erbosa.
Sono state poste a dimora piantine di Fagus sylvatica, Acer platanoides, Acer pseudoplatanus, Fraxinus excelsior e Sorbus aria prodotte nei vivai forestali della provincia di Macerata; per una buona parte è stato anche usato seme raccolto in boschi molto vicini alla Riserva. Nel 1987-88 sono stati eseguiti i risarcimenti nella stessa area ed è stato iniziato un avviamento all'alto fusto di una piccola porzione di faggeta, successivamente sottoposta ad analisi strutturale per verificare la sua evoluzione nei confronti dei popolamenti cedui invecchiati.
Sfalcio. Nei pressi del Casale Piscini si trova un’area di ettari 12,89, oggi occupata da prati falciabili; dopo un periodo di alcuni anni di sospensione della fienagione, è stato deciso di riprendere e continuare la pratica dello sfalcio in tale zona allo scopo di mantenere la vegetazione seminaturale dei prati, altrimenti destinata a scomparire.
Stazione meteorologica. Nel 1990 è stata installata una stazione di rilevamento dei dati meteorologici, che permette la registrazione automatica dei dati sulle temperatura e sulle precipitazioni.
In particolare si sono installate 3 stazioni di rilevamento climatico per l’acquisizione e la gestione dei dati ecologici, si è allestito un impianto per la stima dell’erosione dovuta al ruscellamento delle acque e si è incrementato il piccolo vivaio presso il casale, oltre alla realizzazione di materiale illustrativo ed al completamento di ricerche specifiche.
Varie. Nel maggio 1979 è stato incendiato un vasto appezzamento di circa
Mappa degli incendi storici:
Mappa degli interventi boschivi: